Bachelor- and master-thesis at BMO

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AG Karpf Aufbau einer Durchflussküvette mit laminarem Fluss und gleichmäßiger Durchflussrate In dieser Bachelorarbeit sollten Sie eine bestehende Durchflussküvette erweitern. Einmal soll ein Rührfisch inkl. Motor in das Spritzenreservoir integriert werden, so dass sich eine konstante Durchsatzrate der Partikel ergibt und weiterhin soll eine Küvette für Hydrodynamische Fokussierung charakterisiert und getestet werden. Ba sebastian.karpf@uni-luebeck.de
AG Karpf Entwicklung eines Sortierungsalgorithmus zur zeitoptimierten Einstufung verschiedener Partikel In dieser Bachelorarbeit sollen Sie einen Algorithmus erarbeiten, der die durch SLIDE Mikroskopie gewonnenen Messdaten sortiert und filtert. Da vor allem in der Durchflusszytometrie eine große Menge Messdaten anfallen, ist es wichtig, die Daten effizient zu verarbeiten und nach Relevanz zu filtern. Hierbei soll besonders auf die Laufzeit des Algorithmus geachtet werden, damit die Analyse nach Möglichkeit in Echtzeit während einer Messung laufen kann. Ba sebastian.karpf@uni-luebeck.de
AG Karpf GPU-based real-time processing of imaging flow cytometry In this master thesis you will work on the real-time computation of incoming data from a digitization card. A GPU will be used, which enables parallel processing of the data. The data are generated in our self-built two-photon microscope, which enables ultra-fast imaging flow cytometry of many thousands of cells per second. Prior knowledge in programming (C/C++) is desirable as well as enthusiasm and curiosity for research. Ma sbastian.karpf@uni-luebeck.de
AG Hüttmann Optische Kohärenztomographie (OCT) für den Hausgebrauch (OCT@Home) Untersuchung von Möglichkeiten, die unwillkürlichen Augenbewegungen (Sakkaden) des Patienten reduzieren. Dieses Arbeitspaket umfasst eine Literaturrecherche, Entwurf einer Projektionsoptik, Untersuchung der Sakkadenhäufigkeit am Probanden. Ba koch@mll.uni-luebeck.de
AG Hüttmann Optische Kohärenztomographie (OCT) für den Hausgebrauch (OCT@Home) Bildverarbeitung, insbesondere Registrierung mehrerer zeitlich nacheinander aufgenommener Messungen. Dabei sollen sowohl Methoden der klassischen Bildverarbeitung, als auch die besonderen physikalisch-optischen Prinzipien des Bildaufnahmeverfahrens berücksichtigt werden. Ba koch@mll.uni-luebeck.de
AG Hüttmann Optische Kohärenztomographie (OCT) für den Hausgebrauch (OCT@Home) Entwurf und Erprobung eines Patienteninterface für das Gerät. Dieser Punkt umfasst das Design des Geräts, die Bedienung durch den Patienten sowie eine Erprobung der gefundenen Konzepte mit Hilfe von Probanden. Ba koch@mll.uni-luebeck.de
AG Hüttmann Optische Kohärenztomographie (OCT) für den Hausgebrauch (OCT@Home) Entwurf und Implementierung eines Verfahrens zur Übertragung der Bilddaten auf einen zentralen Server, Speicherung der Daten und der Befunde sowie Übermittlung der Befunde an den Arzt bzw. den Patienten. Ba koch@mll.uni-luebeck.de
AG Hüttmann Optische Kohärenztomographie (OCT) für den Hausgebrauch (OCT@Home) Mithilfe bei der Erstellung der Dokumente zur CE Zulassung des Prototypen Dazu gehört u.a. das Risikomanagement, Lasten- und Pflichtenheft, Gebrauchsanweisungen, Berechnungen zur Lasersicherheit, Durchführung der Tests entsprechend den Anforderungen der 60601-1. Ba koch@mll.uni-luebeck.de
AG Brinkmann Optische Detektion von Mikrovaporisation Aufbau und Test einer optischen Detektion von Mikrovaporisation. Diese soll für eine sehr genaue Lasersteuerung mit lokal ganz begrenzten Effekten, wie bei der selektiven Retinatherapie (SRT), genutzt werden. Hierbei soll ein Messaufbau erstellt bzw. modifiziert werden und Mikroblasendetektion an Phantommodellen und RPE Zellen durchgeführt werden. Erfahrungen im Bereich Optik und Programmierung sind von Vorteil. Ba eric.seifert@mll.uni-luebeck.de
AG Brinkmann Für Lasertherapien an der Netzhaut des Auges soll eine optische Detektion von Mikrovaporisation aufgebaut und getestet werden Diese soll für eine sehr genaue Lasersteuerung mit lokal ganz begrenzten Effekten, wie bei der selektiven Retinatherapie (SRT), genutzt werden.Hierbei soll ein Messaufbau erstellt bzw. modifiziert werden und Mikroblasendetektion an Phantommodellen und RPE Zellen durchgeführt werden. Erfahrungen im Bereich Optik und Programmierung sind von Vorteil. Ma eric.seifert@mll.uni-luebeck.de
AG Brinkmann Charakterisierung verschiedener optischer Kohärenztomographiesysteme mit Hilfe von Auflösungsphantomen Diese Bachelor/Masterarbeit beschäftigt sich mit der Charakterisierung verschiedener optischer Kohärenztomographiesysteme (OCT) mit Hilfe von Auflösungsphantomen. Hierzu müssen die Auflösungsphantome gebaut werden und an die Anforderungen der unterschiedlichen OCT-Systeme angepasst werden. Die Auswertung erfolgt mit einer bereits bestehenden Software, welche gegebenenfalls erweitert werden muss. Ba p.strenge@uni-luebeck.de
AG Brinkmann Registrierung von histologischen Bildern auf Tiefenbilder der optischen Kohärenztomographie Diese Bachelor/Masterarbeit beschäftigt mit der Registrierung von histologischen Schnitten auf Tiefenbilder von Hirngewebe, welche mit der optischen Kohärenztomographie (OCT) aufgenommen wurden. Hierzu müssen zunächst die Konturen des Hirngewebes in den Bildern detektiert werden, damit anschließend eine nicht lineare Registrierung durchgeführt werden kann. Ba p.strenge@uni-luebeck.de
AG Brinkmann Bestimmung der Zelldichte anhand von histologischen Bildern Diese Bachelorarbeit beschäftigt sich mit der Erkennung von Hirntumor in histologischen Schnitten auf Grundlage der Zelldichte. Im Laufe der Arbeit sollen die Zellkerne in dem histologischen Schnitt mit Algorithmen der Objekterkennung erkannt werden, um daraus die Zelldichte zu bestimmen. Die Arbeit vermittelt dem Studenten/-in erste Einblicke in die Objekterkennung und Bildverarbeitung. Ba p.strenge@uni-luebeck.de
AG Brinkmann System Analyse und Software Design zur Aufbereitung und Auswertung komplexer Optischer Kohärenz Tomographie Daten Ziel dieser Arbeit ist es ein existierendes Optical Coherence Tomographie (OCT) System und dessen Daten-Auswertungsprozess als Software abzubilden. Dafür muss zunächst ein einheitliches Datenformat entwickelt werden. Sowie der komplette Daten-Auswertungsprozess nach den Regeln der z.B. Objektorientierung analysiert, zerlegt und z.B. als UML modelliert werden. Dieses System Design soll dann als Software voraussichtlich in C++ umgesetzt werden. Als Referenz können dabei die bereits bestehenden Einzellösungen genutzt werden. Aufgrund der Komplexität des Gesamt Systems liegt der Fokus dieser Arbeit zunächst auf System Analyse und Design. Die Umsetzung als Software hängt dann von den Erfahrungen und Fähigkeiten des jeweiligen Kandidaten, sowie der Zeitlichen Gegebenheiten ab. Aufgrund der geplanten Modularisierung kann die Programmierarbeit grundsätzlich, individuell skaliert und verteilt werden. Die Arbeit vermittelt dem Studenten/-in tiefe Einblicke in die Software Entwicklung bei der Überführung aus der Forschung in den Industriellen / Praktischen Einsatz. Voraussetzungen: Bachelorstudenten/-innen oder Masterstudenten/-innen der Studiengänge: Allgemeine-, Medizinische- oder Technische-Informatik, Software Engineering, Softwaretechnik oder Informationstechnologie und Design. Sehr gute Kenntnisse im Software System Design, der Objektorientierten oder Funktionalen Programmierung sowie fundierte Kenntnisse in C++ oder einer vergleichbaren Programmiersprache. Von Vorteil wären außerdem erste Erfahrungen mit Memory Mapped File Systemen, in der Multi Prozess Programmierung und Kommunikation sowie der Erstellung von DLLs. Idealerweise erste Erfahrung in der Digitalen Signal- und Bild-verarbeitung. Ba/Ma detrez@mll.uni-luebeck.de
AG Brinkmann Überarbeitung eines Messstandes zur kontaktlosen optischen Temperatur Messung an Biologischen Proben In dieser Arbeit soll ein bereits vorhandener proof of concept Messstand vereinfacht und automatisiert werden. Dafür muss ein z.B. FPGA basiertes Timing System entwickelt werden. Des Weiteren soll eine Steuerung-Software in LabVIEW zur Ablaufsteuerung des Messprozesses sowie der ersten digitalen Daten Aufbereitung entwickelt werden. Als Hardware Plattform ist im Moment ein PXI System von National Instruments angedacht. Die Arbeit vermittelt dem Studenten/-in tiefe Einblicke in die Analoge und Digitale Signalverarbeitung, der Steuerungs- und Automatisierungs-Technik sowie Bio-Photonik. Voraussetzungen: Masterstudenten/-innen der Studiengänge: Physikalische Technik, Elektrotechnik Informationstechnik, Medizintechnik oder verwandte Ingenieure Technische Studiengänge. Gute Kenntnisse in der Analogen und Digitalen Signal Verarbeitung, Programmierkenntnisse in LabVIEW und Matlab. Idealerweise erste Erfahrung im Umgang mit Optischen Aufbauten und Lasersystemen Programmierung von FPGAs, sowie erste Erfahrungen mit dem PXI System von National Instruments. Ba/Ma detrez@mll.uni-luebeck.de
AG Brinkmann Fluoreszenzmessung zur Stein-Gewebe-Differenzierung in der Endourologie Am Medizinischen Laserzentrum Lübeck wird seit einigen Jahren ein Verfahren zur Steinerkennung untersucht, um die Sicherheit der Laserlithotripsie zu erhöhen: Fast alle Nierensteine fluoreszieren, wenn sie mit grünen Licht angeregt werden. Dieses Signal kann über die Behandlungsfaser detektiert werden. Im Rahmen dieser Bachelorarbeit sollen Fluoreszenz- und Reflexionssignale humaner Harnleiter- und Nierensteine mit einem bestehenden Laboraufbau systematisch gemessen und die Abstandsabhängigkeit sowie der Einfluss von Faserschäden auf die Signalintensität charakterisiert werden. Programmierkenntnisse (LabVIEW) sind von Vorteil, aber nicht erforderlich. Ba Lange@mll.uni-luebeck.de
AG Huber Aufbau einer motorisierten XYZ-Präzisionspositioniereinheit für die OCT-Bildgebung Die optische Kohärenztomographie (OCT) ist ein nicht-invasives Bildgebungsverfahren, welches hochauflösende Tomographien von stark streuendem Gewebe ermöglicht. Um große Gewebeproben präzise abzubilden und reproduzierbare OCT-Aufnahmen machen zu können, soll eine ansteuerbare, motorisierte XYZ-Positioniereinheit („Probentisch“) aufgebaut und getestet werden. Damit sollen viele kleine volumetrische Teilbildbereiche dann im Computer zu einem sehr großen Bild-Datensatz zusammengefügt werden. Das Ziel dieser Arbeit ist es, die XYZ-Einheit zu entwerfen, elektronisch anzusteuern und zu testen. Langfristig ist die Integration in ein bestehendes OCT-System und das automatische Zusammenfügen der prozessierten OCT-Volumen geplant. Wünschenswert wäre ein grundlegendes technisches Interesse, da die Arbeit sowohl die Konstruktion der Stage, Programmierung (Labview) als auch ein wenig Elektronik umfasst. Ba robert.huber@uni-luebeck.de
AG Huber Charakterisierung unterschiedlicher hochauflösender Objektive für die OCT-Bildgebung Die optische Kohärenztomographie (OCT) ist ein nicht-invasives Bildgebungsverfahren, welches hochauflösende Tomographien von stark streuendem Gewebe ermöglicht. Einige Anwendung erfordern eine höhere laterale Auflösung, um sehr kleine oberflächliche Strukturen sichtbar zu machen. Dazu soll die Verwendung unterschiedlicher Mikroskopobjektive für die OCT-Bildgebung analysiert werden. Ziel dieser Arbeit ist es, OCT-Aufnahmen mit verschiedenen Objektiven mit verschiedener Auflösung zu machen und diese zu charakterisieren. Außerdem soll ein Konzept erstellt werden, wie die unterschiedlichen Objektive optimal in die bestehende Scanoptik integriert werden können. Dafür muss ggf. die bestehende Scanoptik mechanisch angepasst werden. Ein grundsätzliches Interesse an Optik und Bildgebung sollte vorhanden sein. Erste Erfahrungen mit Labview und CAD (Solidworks) sind hilfreich, aber nicht zwingend erforderlich. Ba robert.huber@uni-luebeck.de
AG Huber Vergleichbarkeitsstudie multimodale Bildgebung an Gewebeproben In dieser Bachelorarbeit sollen Sie Aufnahmen mit einer Auswahl von Mikroskopen für die moderne biomedizinische Bildgebung, wie z.B. 2-Photonen-, Raman- oder OCT-Mikroskopie, erstellen. Dabei sollen Gewebeproben mittels unterschiedlicher Kontraste (Streuung, Absorption, molekularer Ramankontrast, Fluoreszenz, Fluoreszenzlebenszeit) analysiert werden. Durch Ihre Ergebnisse soll erforscht werden, welche Kombination der Kontraste sich am besten und für welche Art von Proben eignet. Ba robert.huber@uni-luebeck.de
AG Huber Automatische Bildsegmentierung von Gewebeproben Beschreibung: An unserem selbstgebauten Multiphotonenmikroskop befindet sich eine Kamera zur lateralen Positionsbestimmung der Probe. Ziel dieser Bachelorarbeit ist es auf Fotos der Kamera die Position und Ausmessungen von Gewebeproben automatisch zu erkennen. An Hand der gewonnenen Daten soll für einen motorisierten XYZ-Verfahrtisch des Multiphotonenmikroskops ein optimales Abtastprofil für ein Multiphotonenmosaik berechnet werden. Dabei sollen auch Parameter wie Probenhintergrund und -beleuchtung variiert werden, um ein optimale Erkennung zu erzielen. Ba robert.huber@uni-luebeck.de